Im Jahr 735 legte der bayerische Herzog Hugibert einen frühen Grundstein für die Geschichte des Ortes: Er schenkte das Gut Safferstetten dem Salzburger Bischof. Über 700 Jahre später wechselte der Besitz erneut. 1441 tauschte das Chorherrenkapitel von Mattighofen die Hofmark Safferstetten mit dem Passauer Bischof Leonhard von Laiming gegen die Hofmark Reding.

Aigen am Inn wurde um das Jahr 1010 erstmals urkundlich erwähnt und zählt damit zu den ältesten Ortsteilen von Bad Füssing. Bekannt ist der Ort bis heute vor allem für seine Leonhardifahrt, die jedes Jahr am ersten Sonntag im November zahlreiche Reiter aus Bayern und den Alpenländern anzieht. Die Verehrung des heiligen Leonhard ist dort bereits seit dem Mittelalter belegt. Deshalb gilt Aigen als einer der Ursprungsorte dieser Tradition, die sich später in weiten Teilen Niederbayerns verbreitete.

Bis zum Reichsdeputationshauptschluss von 1803 gehörte vom heutigen Gemeindegebiet lediglich der Weiler Füssing zum Kurfürstentum Bayern. Die übrigen Orte standen unter der Herrschaft des Hochstifts Passau. Mit der Säkularisation fiel das Gebiet schließlich an Bayern und wurde später Teil des Königreichs Bayern.

Mit dem bayerischen Gemeindeedikt von 1818 wurde die kommunale Verwaltung neu organisiert und feste politische Gemeinden geschaffen. Auf dem Gebiet des heutigen Bad Füssing entstanden dabei die eigenständigen Gemeinden Safferstetten, Egglfing am Inn, Würding und Aigen am Inn.

Ein entscheidender Wandel setzte Ende der 1930er-Jahre ein:

Bei Bohrungen im damaligen Gemeindeteil Füssing stieß man 1937 und 1938 in rund 1.000 Metern Tiefe überraschend auf 56 Grad heißes, schwefelhaltiges Thermalwasser. Zunächst blieb die Quelle ungenutzt und wurde wieder verschlossen. Erst nach dem Zweiten Weltkrieg erkannte man die Bedeutung des Fundes. Ab den 1950er-Jahren entwickelte sich daraus Schritt für Schritt der Kurbetrieb, der Bad Füssing weit über die Region hinaus bekannt machte. 1969 erhielt Füssing schließlich offiziell den Namenszusatz „Bad“.

Im Zuge der bayerischen Gemeindegebietsreform wurden am 1. April 1971 die bis dahin eigenständigen Gemeinden Safferstetten, Egglfing am Inn und Würding zur neuen Gemeinde Bad Füssing zusammengeschlossen. Aigen am Inn kam am 1. Januar 1972 hinzu. Ein weiterer Meilenstein für den Tourismus folgte 1999 mit der Eröffnung einer konzessionierten Spielbank in Bad Füssing.

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